La historia del "León Pinelo" se inicia en el año 1945, cuando, con tan sólo 2,500 personas, la comunidad judía del Perú era una de las más pequeñas a nivel mundial. A pesar de esto, el 27 de marzo llegó al Perú el educador Natán Bistritzky, formado en las escuelas judías europeas, con el caro anhelo de formar un colegio judío que sirviera de guía a los jóvenes judíos del país que no incorporaban dentro de su formación la historia, el idioma y las tradiciones de sus ancestros, excepto la importante tradición familiar, a la que le faltaba ese carácter grande, masivo, capaz de ser conseguido sólo en el ambiente de una escuela comunitaria.

En marzo de 1945 nació el Comité Pro-Colegio Hebreo, cuya misión fundamental era hacer realidad la existencia de una escuela judía en el Perú. El comité estuvo conformado por los señores Salomón Sterental, Marcos Roitman, Isaac Wecselman, Jacobo Franco, Lipa Gorn, Israel Brodsky, Abraham Batievsky y Moisés Niemand, y consiguió, gracias a su empuje, que muy pronto el Ministro de Educación del gobierno de don José Luis Bustamante y Rivero, el historiador Luis E. Varcárcel, diera la aprobación oficial.

Se contrató al eximio catedrático de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Dr. Manuel Beltroy, como primer Director del colegio. Fue precisamente él quien sugirió que el colegio llevara el nombre de León Pinelo honrando a los hermanos Antonio, Juan y Diego descendientes de aquella familia de origen judío que destacara en todos los ámbitos de la cultura colonial, todos ellos muy ligados a la Universidad Mayor de San Marcos.

Con un modesto mobiliario, un personal joven y una comunidad judía ansiosa se iniciaron las actividades académicas el 4 de mayo de 1946, con 33 alumnos. Inicialmente el colegio estuvo ubicado en la calle Gral. Varela en Breña, hasta el año 1950 en que se trasladó al local del templo Sefardí por un corto período de seis meses, pasó luego al local de la Av. Brasil en Jesús María, hasta el año de 1954, para luego trasladarse al local propio en la calle Los Manzanos (hoy Maimónides) 610 en San Isidro, inaugurado el 11 de Abril de 1954.

El colegio León Pinelo ha tenido como Directores a lo largo de su historia a: Manuel Beltroy, Víctor Rabanal, Carlos Paz Soldán e Idel Vexler y como Supervisores Pedagógicos a: Abraham Stempel, Ernesto Ehrmann, Jacques Messinger, Moshé Cohen, Eliahu Kehati, Tzvi Aviel, Guideón Sela, Ari Loebl, Mali Gal y León Trahtemberg, todos ellos destacados profesionales que han marcado la senda del progreso de la institución.

En los más de cincuenta años del Colegio León Pinelo se han graduado más de mil seiscientos alumnos, todos ellos con un alto nivel de formación judía. La gran mayoría de los egresados del Colegio León Pinelo han continuado su formación en las universidades del Perú, Israel y Estados Unidos y se desempeñan en el ámbito profesional en el Perú y el extranjero.